学校现有党群机构10个，行政机构14个，教学研究机构38个，公共服务及附属机构12个。
学校现有哲学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学、交叉学科12个学科门类，涵盖了高级专门人才培养和科学研究的主要领域。现有3个国家双一流建设学科（马克思主义理论、化学、计算机科学与技术）、3个自治区“十四五”优势学科振兴工程建设学科（数学、中国语言文学和机械工程），6个自治区“十四五”特色学科创新工程建设学科（法学、地理学、生物学、生态学、电气工程和化学工程与技术）；9个学科（化学、工程学、材料学、环境与生态学、地球科学、计算机科学与技术、社会科学总论、数学、农业科学）进入ESI全球前1%。有14个博士学位授权一级学科、1个工程博士专业学位授权类别，37个硕士学位授权一级学科、18个硕士专业学位授权类别，13个博士后科研流动站。学校现有87个本科专业，2023年72个专业（类）招生，68个单一专业，4个大类招生专业（含9个专业）；38个国家级一流本科专业建设点，15个自治区级一流本科专业建设点。
学校是国家留学基金委公派出国留学项目受理单位，是上海合作组织大学、中国政府奖学金自主招生、孔子学院奖学金和新疆政府奖学金项目学校。学校先后与27个国家和地区的80多所高校和教育科研机构签署了教育交流与科研合作协议（备忘录）。在吉尔吉斯斯坦、俄罗斯设立3所孔子学院。建有新疆大学俄语中心和俄罗斯对外俄语等级考试考点，在俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦等国多所大学设有实习基地。
2010年新一轮对口支援工作开展以来，在教育部大力支持下，以清华大学为组长，西安交通大学、武汉大学、中南大学、中国人民大学为副组长，北京师范大学、大连理工大学、同济大学、北京外国语大学、东华大学、中国矿业大学、中山大学、东北师范大学、厦门大学、电子科技大学为成员的15所高校对口支援组团式包建新疆大学。天津大学、华东理工大学、北京化工大学与我校建立对口合作关系。
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